El partido de vuelta se jugó en El Monumental, que se adelantó en el marcador con gol de Luis González, mientras Boca había sufrido la expulsión de Fabián Vargas. Otros jugadores recordados por la institución e hinchada son Ricardo Pérez, Jaime Arango, Niver Arboleda, Luis Fernando Herrera, Giovannis Cassiani, Víctor Hugo Aristizabal, Mauricio «Chicho» Serna, Faustino Asprilla, Luis Fajardo, Diego Osorio, Juan Pablo Ángel, Hermán Gaviria, Iván Ramiro Córdoba, José Fernando Santa, Giovanni Moreno,Dorlan Pabón y Miguel Calero. Según normativa UEFA, cada club solo puede tener en plantilla un máximo de tres jugadores extracomunitarios, que ocupen plaza de extranjero, mientras que un canterano debe permanecer al menos tres años en edad formativa en el club (15-21 años) para ser considerado como tal. Brindisi tampoco logró un buen rendimiento en el Torneo Apertura, llegando a estar 600 minutos sin convertir goles, récord para el club en el profesionalismo. Cuatro días después de haber ganado el apertura, Basile ya se hacía de otro título en el equipo Xeneize: la Copa Sudamericana. Su segundo título fue el Torneo Apertura, torneo en el cual disputó 19 partidos, ganó 12, empató 4 y perdió 3, con un total de 40 puntos. Campeón de la Copa Barone de la Liga Albion, título no oficial en la actualidad.
Allí, Once Caldas ganó 2:1 y Boca se consagró campeón. Sin embargo esta vez, ninguno de los jugadores de Boca pudo convertir su penal y el Once Caldas se consagró Campeón de América. Basile había sido uno de los grandes futbolistas argentinos en las décadas de los 60 y 70, integrando dos famosos equipos: el Racing campeón mundial «de José», y el Huracán campeón argentino del 73. Como técnico había tenido una extensa carrera dirigiendo entre otros a Rosario Central, Racing, San Lorenzo, Vélez, América, Nacional y el Atlético de Madrid, así como la Selección de fútbol de Argentina bicampeona de América (1991 y 1993) y en la Copa Mundial de Fútbol de 1994, en la que Maradona fue sancionado por dopaje. El partido tenía además connotaciones extrafutbolísticas, ya que cuatro años antes se había producido la guerra de las Malvinas, lo que también produjo incidentes en las tribunas entre simpatizantes argentinos e ingleses.
Contra todos los pronósticos, Boca ganó el partido, una vez más en una definición por penales, elevando la moral del plantel y de los simpatizantes. En cuartos de final, Roberto Abbondanzieri fue clave en la victoria en una definición por penales contra el São Caetano, pasando a las semifinales en donde debía enfrentarse al rival de toda la vida, River Plate. Benítez debió enfrentar al día siguiente de asumir y con el equipo en situación caótica, un difícil partido por los cuartos de final de la Copa Sudamericana, en Asunción contra Cerro Porteño, luego de haber empatado en Buenos Aires. 4:0 y quedando eliminada de la Copa del Mundo. Tévez tuvo un buen rendimiento en la selección en 2004 convirtiendo 10 goles, lo que lo llevó a convertirse en el segundo mejor goleador del mundo por la IFFHS. Fue elegido 2.º mejor equipo del mundo según la IFFHS. El primer torneo que disputó el equipo bajo su conducción fue la Recopa Sudamericana, en donde se enfrentó a Cienciano. Al año siguiente, el Boca de Basile obtuvo el Torneo Clausura, llegando a su cuarto título al mando del equipo boquense.
El goleador de Boca en ese torneo fue Rodrigo Palacio con un total de 10 goles. Explotaron los juveniles Rodrigo Palacio y Fernando Gago, y así, habiendo estado a cargo del club por un mes, ya obtuvo su primer logro: la Recopa Sudamericana. ↑ Apodo del Club Lanús, debido al color de su casaca. ↑ Página/12, ed. (23 de junio de 2009). «Basile es el nuevo técnico de Boca». La intervención pública de Maradona bloqueó la contratación de Falcioni y llevó a la de Basile, quien asumió como el nuevo DT el 28 de junio. Este triunfo en la Copa Sudamericana, llevó a los dirigentes a confirmar al «Chino» Benítez como entrenador en 2005, año importante porque se cumplía el Centenario de Boca. Inicialmente Boca se negó a jugar la revancha y solicitó la descalificación de River, pero la CONMEBOL rechazó la solicitud (a pesar de lo sucedido en los octavos de final de la Copa Libertadores 2015) y ordenó jugar el partido en Europa, el 9 de diciembre en el estadio Santiago Bernabéu, donde Boca perdió por 3 a 1 en tiempo suplementario tras quedarse con dos jugadores menos por la expulsión del mediocampista Wilmar Barrios y la desafortunada lesión de Fernando Gago (el DT ya había agotado los cambios permitidos).