Gracias a la dedicación que el club le dedicó a la Liga Nacional, el básquet se transformó en el segundo deporte con más importancia para el club. Además, es actualmente el 3.º club más ganador de Liga Nacional, y el club argentino que más veces ganó el Campeonato Sudamericano de Clubes (3), junto con Ferro Carril Oeste. Tras siete años de sequía, en la temporada 2003/04 llegó el segundo lauro en la Liga Nacional, esta vez con Sergio Santos Hernández como entrenador, tras vencer por 4-2 en la serie final a Gimnasia y Esgrima La Plata. A mediados de 2009, Boca Juniors atraviesa por una serie de dificultades económicas que obligan a la institución a reducir drásticamente el presupuesto destinado anualmente al desarrollo de la actividad basquetbolística en el club. También ha sido el único club, equipo e institución de Fútbol de todo el Mundo que ha aparecido en el Rally Dakar. Además, cuenta con peñas en distintas partes del mundo (19), como España, Italia, Israel y Japón. La prestigiosa revista alemana, Kicker, realizó en 2014 un ranking con los clubes más legendarios del mundo.
De esta manera se creó una base de datos de 2.005.590 personas que participaron del Gran DT 2009 que al mismo tiempo son simpatizantes de distintos clubes de fútbol a lo largo y a lo ancho de todo el país. Algunos ejemplos de futbolistas surgidos de la cantera «xeneize» en los últimos 20 años son Fernando Gago, Sebastián Battaglia, Aníbal Matellán, Clemente Rodríguez, Nicolás Burdisso, Carlos Tévez, Nicolás Gaitan, Leandro Paredes, Willy Caballero, Nahuel Molina, Rodrigo Bentancur, entre otros. Los equipos argentinos están limitados por la AFA a tener en su plantel de primera división un máximo de seis futbolistas extranjeros pero solo cinco firmando planilla por partido. Sí, eso sí que pasa en otros equipos pero no con camisetas, sino con estadios donde se juega la final… El entrenador era Julio Lamas, y en la serie final el conjunto xeneize superó por 4-1 a Independiente, de General Pico, La Pampa. Los abanderados en este lauro xeneize fueron el ala-pívot Leonardo Gutiérrez, el alero Gustavo Oroná, los bases Raymundo Legaria y Luis Cequeira y el interno cubano (ex-NBA) Lázaro Borrell.
La institución Xeneize se ubicó en la octava posición, siendo la única del continente en formar parte de la lista de los diez mejores. Boca Juniors es parte del grupo selecto de máximos ganadores de títulos internacionales en cada continente. Algunos de los futbolistas más destacados de la historia del club nacieron futbolísticamente en la institución. Según el sitio de información periodística CIES Football Observatory, Boca Juniors es el mayor formador de futbolistas profesionales en todo el mundo, formando 78 profesionales sobre 286 clubes analizados de 15 diferentes ligas de fútbol. Antonio Rattín y Natalio Pescia quienes cuentan con la particularidad de ser dos de los escasos futbolistas que han permanecido toda su carrera en una sola institución en el fútbol argentino. Los coches fueron pintados con los colores y las insignias de la institución auriazul, aunque oficialmente el club nunca había creado una comisión de automovilismo. Equipo con más finales internacionales disputadas: Boca Juniors es el club sudamericano que más veces ha jugado una final de competiciones internacionales, con un total de 29 finales.
Cabe mencionar también que el futbolista que mayores logros cosechó en la historia del equipo es Sebastián Battaglia, quien se formó como canterano y ostenta un total de 17 títulos profesionales. Las inferiores del Club Atlético Boca Juniors aportaron un total de seis campeones del mundo, divididos en dos por campeonato mundial a la Selección de fútbol de Argentina. Miguel Ángel Russo comparte título de Copa Argentina 2019-20 con Sebastián Battaglia. Campeón de Primera División 2019-20. Superando a su rival histórico River Plate en la última fecha. Torneo Clausura 1999. Dejando en segundo lugar a su rival histórico River Plate. Torneo Apertura 2000. Dejando en segundo lugar a su rival histórico River Plate. Además, Boca fue campeón en las cinco primeras ediciones de la Copa Argentina, torneo instaurado en 2002 y organizado, al igual que la Liga, por la Asociación de Clubes. Este torneo se juega desde 1946 entre los campeones de las distintas ligas de básquetbol de América del Sur.
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