En la parte deportiva llegó hasta octavos de final en la Supercopa Sudamericana. En el 2016-II Nacional cayo con los suplentes 2-1 ante Millonarios en el partido de ida en el Estadio El Campín con polémico arbitraje que le dio el triunfo a los azules, en el partido de vuelta Nacional derrotó 3-0 a Millonarios en el Estadio Atanasio Girardot con toda su nómina que no pudo disputar la final de Sudamericana por el Accidente aéreo que sufrió el equipo Chapecoense dejando un saldo de 71 víctimas fatales y 6 sobrevivientes. El máximo goleador de Atlético Nacional en estos encuentros es Víctor Aristizabal con 14 goles. El máximo goleador de Nacional en estos encuentros es Víctor Aristizabal con 13 goles. Otro enfrentamiento de esta naturaleza fue en 1981 cuando el partido tomó un verdadero ambiente de clásico, pues Nacional se consagró campeón frente al América en el estadio Atanasio Girardot logrando su cuarta estrella.
Lo paró el portero y no pudo alcanzar el rechace, pero destellos así son los que hacen todavía pensar a Ancelotti en que puede sacar algo de partido de él. Obviamente incluyendo múltiples duelos contra sus acérrimos rivales como lo son el Inter Milán y el Torino. El 15 de diciembre del 2020 fue presentado como entrenador Alexandre Guimaraes, con el asistente técnico Juliano Fontana. El primer técnico extranjero que tuvo Nacional fue el argentino Fernando Paternoster. El 26 de mayo se confirmó la salida del técnico Juan Carlos Osorio, siendo el técnico más ganador en la historia del club hasta ese momento. Entre los intervalos en los que Hernán Botero se ausentó de la presidencia estuvieron a cargo Fernán Jaramillo Isaza, Hernán Villegas Ramírez como encargado, Mario de Bedout y Carlos Restrepo Arbeláez. En 2016 el equipo consiguió el segundo título de Copa Libertadores con jugadores claves como el venezolano Alejandro Guerra, el argentino Franco Armani, Alexis Henríquez, Macnelly Torres, Orlando Berrío, Farid Díaz, Daniel Bocanegra, Jonathan Copete, Víctor Ibarbo, Miguel Borja, Davinson Sánchez, Andrés Ibargüen, Marlos Moreno, Sebastián Pérez y Alexander Mejía. Durante los cuartos de final de la liga 2020, América goleo 3-0 a Nacional en el Atanasio Girardot para un global de 4-2 a favor del equipo caleño, eliminando así al equipo paisa de la posibilidad del título.
El partido de ida, jugado en Chapecó, terminó 2-1 a favor de Chapecoense, aunque en el juego de vuelta, en Medellín, Atlético Nacional ganó 4-1 y el global terminó 5-3 a favor del equipo Verdolaga. Los resultados fueron: con Junior 1-2 y 2-1; con Cortuluá 4-3 y 3-2; y con el Deportivo Pasto 3-2 y 0-1; y así llegó a la final del Finalización ante el DIM. El primer partido quedó 0-0 y el segundo lo ganó Nacional 1-0. La final del año se disputó frente al América de Cali por ser este el ganador del Torneo Apertura. Nacional derrotó a Independiente del Valle por 1-0 con gol de Miguel Borja al minuto 9 coronándose campeón de América por segunda vez en su historia luego de 27 años. En la Copa Sudamericana, el equipo logró llegar a una final internacional después de 12 años y enfrentar a River Plate de Argentina, pero el global terminó 3-1 en contra, siendo subcampeón de la Copa Sudamericana por segunda vez. El museo termina con una zona dedicada a los uniformes utilizados por el equipo a lo largo de los años.
El de Reggiolo metió de titular en el Wörthersee Stadion de Klagenfurt (Austria) al galés, que estuvo bastante activo en los 45 minutos, con penalti fallado incluido, que dispuso en un once donde también estuvo el austriaco David Alaba, que debutó con su nuevo equipo formado pareja de centrales con Nacho y que dejó buena imagen. América de Cali que consiguió su título número doce en ese momento. En 1999 Nacional alcanzó su séptimo título. Desde su llegada tuvo a la hinchada en contra porque sus inusuales cambios en la formación del equipo principal, sin embargo de esta forma Osorio se logró coronar campeón a Nacional de la primera edición de la Superliga de Colombia en el 2012 enfrentando al Junior de Barranquilla, en ese mismo año (2012) se coronó por primera vez campeón de la Copa Colombia al vencer al Deportivo Pasto, título que repetiría en el año 2013 venciendo a Millonarios de Bogotá.