A finales de 1961 ingresó Hernán Botero Moreno como accionista del Atlético Nacional. En 2016 Atlético Nacional inició la temporada ganando la Superliga al derrotar 5-0 al Deportivo Cali en el global. ↑ «Millonarios venció a Atlético Nacional y se coronó campeón de la Superliga de Colombia». El partido de ida, jugado en Chapecó, terminó 2-1 a favor de Chapecoense, aunque en el juego de vuelta, en Medellín, Atlético Nacional ganó 4-1 y el global terminó 5-3 a favor del equipo Verdolaga. En el partido de vuelta ante Deportivo Quito, ganó por 2-1. El último partido de la primera fase, frente a Emelec, en Medellín, ganó 3-1. Millonarios ganó el grupo, con 10 puntos, seguido de Atlético Nacional con 7 y tercero Deportivo Quito con 4 puntos, clasificándose estos tres a octavos de final. Atlético Nacional en Dimayor. A pesar de que Nacional había eliminado al Marítimo de Venezuela en los octavos de final, perdió en cuartos 0-1 con América de Cali en el primer partido, y luego pierde 4-2 en la vuelta.
En la Copa Libertadores 2019 cayó en la segunda fase ante Libertad por penales por 5-4 después del empate por 1-1, pero pudo disputar la Copa Sudamericana 2019, en donde cayó en la segunda fase ante Fluminense en la segunda fase por un global de 4-2, perdiendo 4-1 en la ida, y 1-0 en la vuelta. De por sí, LAFC marcha como superlíder sin que el futuro de Vela estuviera definido durante la primera vuelta de la temporada regular, y sin que Chiellini y Bale hayan pisado el terreno de juego aún. Mi decisión se tomará pronto, tuve muchos problemas físicos pero decidiré pronto”, declaró Ibrahimovic minutos después, dejando en el aire su futuro en el fútbol. El partido definitivo se disputó en el Estadio Pascual Guerrero de Cali; el conjunto bogotano empezó ganando dos a cero, Nacional reaccionó en el segundo tiempo y empató el compromiso, pero a nueve minutos del final, los rojos consiguieron el gol decisivo. Los resultados fueron: con Junior 1-2 y 2-1; con Cortuluá 4-3 y 3-2; y con el Deportivo Pasto 3-2 y 0-1; y así llegó a la final del Finalización ante el DIM. El primer partido quedó 0-0 y el segundo lo ganó Nacional 1-0. La final del año se disputó frente al América de Cali por ser este el ganador del Torneo Apertura.
El partido de vuelta, en Buenos Aires, River Plate venció a Nacional 1-0, pero los verdes pasaron a la final mediante los penales. En mayo, Nacional inició su participación en el campeonato bajo el nombre extraoficial de Independiente Nacional, denominación adoptada por los jugadores, pero que nunca apareció en las planillas oficiales. En la administración de Botero, el club consiguió la Recopa y el Torneo Apertura de 2017, luego del fracaso del Torneo Finalización de 2017 y la Superliga de 2018, Andrés Botero Phillipsbourne decidió renunciar a la dirigencia de Nacional, cargo que ocupó durante once meses. El inicio del 2015 no fue el más esperado, el equipo quedó subcampeón por segunda vez consecutiva de la Superliga de Colombia al perder 3-2 en el global contra Santa Fe. ↑ AS Colombia (27 de julio de 2016). «Nacional, inmortalizado: ¡Ya son 25 títulos en la vitrina!». Son muchos los jugadores de Atlético Nacional que a lo largo de la historia han sido seleccionados para representar a Colombia en algún evento internacional. Para el Finalización, Atlético Nacional logró su segundo bicampeonato, se clasificó a la final contra el Deportivo Cali. Nacional quedó en el grupo A con Medellín, Junior, Sporting y Unión Magdalena.
Copa Libertadores. En el Finalización quedó cuarto, siendo quinto en la reclasificación, lo que le dio para avanzar a los cuadrangulares semifinales, y luego en esta fase quedó primero en el grupo. En el Torneo Finalización no clasificó a fase de eliminación directa en una campaña irregular. En 1957 Nacional cumplió una campaña desfavorable. Disputó una vez más la Supercopa, en donde Nacional quedó eliminado en la primera fase, nuevamente a manos del São Paulo, perdió 0-2 en el Atanasio Girardot y empató a un gol en el Morumbí. Además, se dio el debut en la Copa Libertadores; de aquel debut se rescata un valioso empate conseguido en el Estadio Atanasio Girardot frente al C. A. Independiente de Argentina, a la postre campeón. Allí Juan Carlos Ramírez falló para Nacional, lo cual permitió a Martín Arzuaga marcar el penal decisivo que le dio la corona a Junior en el Estadio Atanasio Girardot, haciendo que la remontada fuera en vano.