El primer clásico que se disputó en la historia entre ambos equipos fue el 12 de septiembre de 1948 y la victoria se la llevó el Independiente Medellín superando al que en el momento se denominaba Atlético Municipal, 3-0, en el marco del primer campeonato disputado en Colombia. En el Metropolitano de 1968, en un Boca-River que terminó empatado 0:0, ocurrió la tragedia de la puerta 12 en la que murieron 71 hinchas xeneizes aplastados, debido a que una de las puerta del estadio quedó inexplicablemente cerrada al momento de salir la multitud. Boca e Independiente empataron el segundo lugar en puntos, pero el subcampeonato le correspondió a los xeneizes por diferencia de gol. En 1967 la AFA cambió la modalidad de organización de los torneos, comenzándose a jugar dos campeonatos por año: el torneo Metropolitano, en el primer semestre y el torneo Nacional, en el segundo. En los campeonatos nacionales, en cambio, Boca seguía sin obtener títulos. Boca comenzó con un buen arranque de torneo, teniendo 12 partidos invictos, de los cuales ganó 11 encuentros. En la primera rueda perdió tres partidos contra San Lorenzo (2:5), River Plate (1:3) y Huracán (1:3), quedando a seis puntos de la punta.
Faltando 15 minutos empataba cero a cero, mientras River ganaba el suyo, alcanzando la punta y llevando el torneo a un partido de desempate. Durante el campeonato Boca goleó a Quilmes 5:1 y enfrentó a River en el primer superclásico del profesionalismo el 20 de septiembre, que terminó con un escándalo. A mitad de año Boca Juniors contrató como entrenador al famoso exjugador de River Plate y el Real Madrid, Alfredo Di Stéfano que es junto a Diego Armando Maradona y Lionel Messi uno de los mejores jugadores argentinos de fútbol de toda la historia. Desgastado, en el torneo nacional de 1966 salió tercero a trece puntos de Racing que, con su famoso «equipo de José», obtendría al año siguiente la primera Copa Intercontinental ganada por un equipo argentino. Los problemas cardíacos de Maradona eran agravados por su adicción a las drogas, por lo que, luego de que su salud se estabilizó, fue internado el 9 de mayo en la clínica neuropsiquiátrica «Del Parque» para iniciar un tratamiento de desintoxicación.
Simultáneamente, en Colombia se formó una liga no afiliada a la FIFA que, camiseta de milan 2022 sin pagar transferencias a los clubes ofreció altos salarios con el fin de atraer a los mejores jugadores sudamericanos. Estos habían creado su sindicato, Futbolistas Argentinos Agremiados, en 1944, y dirigidos por Fernando Bello y Adolfo Pedernera, figura histórica de River, reclamaron y obtuvieron la garantía de salarios mínimos para primera y segunda división, aunque sin obtener un convenio colectivo y un estatuto especial para el jugador de fútbol, como reclamaba el sindicato. En Francia 1998 fueron covocados Andrés Estrada, Miguel Calero y José Fernando Santa. Esa sanción que lo alejaba de los terrenos de juego españoles hasta diciembre de 1984, fue una de las razones que empujaron al presidente del Barcelona, José Luis Núñez, a aceptar una oferta del Napoli italiano para traspasar al argentino. En el segundo torneo, jugado en 1932 y ganado por River, Boca compró a Delfín Benítez Cáceres, el máximo goleador extranjero del club, procedente de Libertad aunque terminó en cuarto puesto, a pesar de ser el equipo más goleador. Con la base de jugadores que quedaron eliminados en semifinales en el Metropolitano de ese mismo año, Di Stéfano armó el equipo, que había tenido una muy buena actuación defensiva en los últimos años, pero que terminó explotando en su mejor juego en este Nacional del 69. Cambió de posiciones a Ponce, Peña, Madurga y Novello, exprimiendo al máximo sus cualidades futbolísticas, además de sacar de la titularidad a un ídolo de aquellos tiempos, Antonio Roma, para dejarle el lugar a Rubén Sánchez, relegando a la flamante incorporación, Nicolau.
Boca se consagró campeón en 1962, luego de ocho años sin títulos, con un equipo en el que actuaban figuras como el goleador brasileño Paulo Valentim, el arquero Antonio Roma, el lateral Silvio Marzolini, el volante de marca Antonio Ubaldo Rattín y el delantero Norberto Menéndez. En el Mundial de Chile 1962, hicieron parte de los seleccionados Jairo Arias, Ignacio Calle y Héctor Echeverry. El equipo se mantuvo expectante y cerca del puntero durante gran parte del campeonato. Al año siguiente Boca llegó puntero a la última fecha, pero perdió con River 3:1, mientras que San Lorenzo le ganó a Chacarita Juniors y se consagró campeón por un punto de ventaja. Boca ganó el primer campeonato profesional del fútbol argentino, realizado en 1931 con 50 pts. En el campeonato de ese año Boca salió octavo, su peor resultado desde el inicio del profesionalismo. «Torneo Nacional 1969». Esto es Boca. En 1965, planteó el mismo esquema de juego, para superar nuevamente a River por un punto y lograr el bicampeonato por tercera vez y su décimo título nacional. De esta forma conseguiría su segundo título de liga de Italia.