En el Torneo Apertura, ya sin Walter Samuel ni Rodolfo Arruabarrena, el equipo se impuso sobre sus rivales, alcanzando en la octava fecha la punta del campeonato. En la fecha siguiente, Boca se consagró bicampeón perdiendo 4:0 frente a Independiente. Con el equipo bicampeón de la temporada 1998/99 en la competición sudamericana, los xeneizes lograron conquistar el máximo torneo continental después de veintidós años de espera. Bianchi debutó en la Copa Mercosur, en la que el equipo fue eliminado en cuartos de final por el Palmeiras, que luego se adjudicaría el torneo. En el Torneo Apertura, Diego Maradona retornó al equipo, que contó también con figuras como el ex River Plate, Claudio Caniggia, Cristian González, Alberto Márcico y Roberto Cabañas. Maradona jugaría además los partidos contra Belgrano, Gimnasia y Esgrima La Plata, Boca Juniors y Huracán. En el Torneo Clausura, Boca tuvo otro mal campeonato y una nueva grave derrota en la Bombonera, esta vez por 0:6 contra Gimnasia y Esgrima de La Plata. Pero una derrota con River Plate (0:2), lo dejó sin posibilidades y le dio el torneo a su clásico rival.
En la Copa Libertadores sufrió la peor derrota en competiciones internacionales al perder 1:6 contra el Palmeiras. En la Copa Libertadores 2021, Boca compartió el grupo C con Santos, Barcelona de Guayaquil y The Strongest. The New York Times (en inglés estadounidense). Luego de obtener cinco títulos entre 1989 y 1993, Boca no volvería a ganar ningún torneo oficial hasta 1998. En ese lapso saldría una sola vez subcampeón en once torneos y sufriría las peores derrotas de su historia. Hasta el descanso, controló el conjunto madridista, con un Milan que tenía problemas ante la alta presión blanca. En la final, derrotó al conjunto mexicano Cruz Azul. En la final, Boca y Atlético Mineiro empataron en el estadio Mineirão por 0:0, mientras que el segundo partido, en La Bombonera, ganó Boca 1:0 con gol de Carlos Mac Allister de cabeza, consagrándose campeón. El partido clave del campeonato fue contra River Plate: Boca se puso en ventaja, pero al final del primer tiempo quedó con un hombre menos por la expulsión de Bermúdez (autor del gol). Aún sin notarse en los números (en la tabla final consiguió un punto y 10 goles a favor menos que en el torneo anterior), el equipo apareció con el sistema de juego de Bianchi más consolidado.
Boca salió al campo de juego sin complejos y sorprendió a los españoles al anotar dos goles de Martín Palermo en los primeros cinco minutos. Entre las claves del triunfo del retorno del equipo a los primeros planos, se ha señalado el papel jugado por el arquero Carlos Fernando Navarro Montoya, el «Mono», al que solo le marcaron 11 goles en 19 partidos, le desvió un penal a River Plate y terminó con el arco invicto de visitante y logró el récord de 824 minutos sin goles (superando la de Roma en 1970); el volante Alberto Márcico, clave en el triunfo contra River Plate, en el resto del campeonato; el delantero uruguayo Sergio «Manteca» Martínez, quien convirtió goles decisivos ante River Plate, Rosario Central, Racing Club, Platense y Huracán y el goleador paraguayo Roberto Cabañas, que con siete goles fue el goleador del torneo. En el Apertura, Boca volvió a obtener un torneo local luego de once años y haber jugado 16 torneos nacionales, sumando 27 puntos y superando por 4 a River Plate.
Al finalizar el primer campeonato en Colombia el Atlético Municipal terminó en el sexto lugar con 18 unidades, a diez puntos del campeón Santa Fe. Mauricio Macri, quien había asumido la presidencia del club en 1995, inició tratativas para contratar como técnico a Passarella, un histórico de River, pero ante la sorda oposición de los simpatizantes, éste rechazó la oferta, despejando el camino al otro candidato sondeado: Carlos Bianchi. En noviembre de 2005 Maradona tomó relevancia política al ser una de las figuras principales de la Cumbre de los Pueblos, también llamada contracumbre, en oposición a la IV Cumbre de las Américas. Es el partido que enfrenta a los dos principales equipos del Valle de Aburrá y propiamente los únicos clubes profesionales de la ciudad de Medellín: Atlético Nacional e Independiente Medellín. Además participó en numerosos partidos de fútbol benéficos, y fue invitado de lujo en eventos de diversos deportes además del fútbol, entre ellos básquetbol, boxeo, hockey césped, rugby y tenis.
En los cuatro torneos de 1967 y 1968, Boca quedó relegado, 
2.º posición en la Zona B del Torneo Nacional. 7.º posición en el Torneo Nacional. 5.º posición en el Torneo Nacional. El segundo encuentro, jugado el 17 de junio, terminó 2-1 a favor del equipo antioqueño con goles del delantero Carmelo Valencia y el volante Diego Toro, para de esa forma obtener el título nacional por novena ocasión. 1965: Campeón del Campeonato de Primera División. 1947: 2.º posición en el Campeonato de Primera División. 2.º posición en el Torneo Metropolitano. 1967: 4.º posición en la Zona A del Torneo Metropolitano. 1960: 5.º posición en el Campeonato de Primera División. 1946: 2.º posición en el Campeonato de Primera División. 1974: 2.º posición en la Zona B y 3.º posición en la Fase final del Torneo Metropolitano. A finales de 2005, fue iniciado un nuevo juicio de filiación por un supuesto hijo del jugador argentino. El 6 de mayo de 1992, después de que Maradona se negara en tres oportunidades a realizarse la prueba de ADN, la jueza María Lidia de Luca confirmó la paternidad, autorizando a Sinagra a utilizar el apellido y ordenando al jugador argentino a pasarle una mensualidad de 4000 dólares. ↑ G. Luque, Xavier (15 de mayo de 2018). «‘Made in Guardiola’» (PDF).
Se produjeron varios refuerzos, en los que se destacaron Marco Torsiglieri, Nicolás Lodeiro, Pablo Pérez, Gino Peruzzi y Daniel Osvaldo, con el objetivo de ganar la Copa Libertadores. En Italia 1990 el club fue la base de la Selección Colombia y fueron seleccionados René Higuita, Andrés Escobar, Gildardo Gómez, Luis Fernando Herrera, León Villa, José Ricardo Pérez, Luis Carlos Perea, Leonel Álvarez y Luis Fajardo. Se ficharon a Andrés Chávez, Gonzalo Castellani, Jonathan Calleri, Federico Carrizo, José Pedro Fuenzalida y César Meli. Tras asumir como director técnico, el Vasco debutó en La Bombonera frente a Vélez Sarsfield por la fecha cinco ganando por 3:1 con goles del Cata Díaz, Marcelo Meli y Andrés Chávez. Un día después, Daniel Angelici anunció como nuevo director técnico a un exjugador de la institución, Rodolfo Arruabarrena. Un día después, tras el pago de una fianza de 20 000 pesos, fue liberado. Tres días después, Boca se consagró campeón de la Copa Argentina realizando una brillante campaña, ganando todos los partidos y recibiendo apenas un gol. Al inicio de la temporada, el club disputó la Supercopa Argentina.
Logrando así su trigésimo primer título de Primera División (vigésimo quinto desde el inicio de la era profesional). El club de la ribera terminó el semestre perdiendo la punta, el invicto y eliminado del torneo continental, que era el gran objetivo del semestre y por el que la dirigencia invirtió millones en refuerzos para obtenerla. En el segundo superclásico, los xeneizes aplastaron a River Plate por 5:0, convirtiéndose en la mayor goleada en la era profesional en amistosos de verano. El partido de ida se jugó en la Bombonera el día 11 de noviembre con empate 2-2, y al momento de jugarse la revancha en el Monumental, el micro que transportaba a los jugadores de Boca fue atacado a piedrazos por simpatizantes de River Plate. En el partido de ida, en un partido muy friccionado terminó en 0:0. Finalmente, en el El Monumental, Boca perdió 0:1 con gol de Leonardo Pisculichi. Se produjeron los refuerzos de Leonardo Jara, Jonathan Silva y Frank Fabra, mientras que salieron del club Fabián Monzón, Franco Cristaldo y Jonathan Calleri.
La etapa regular del campeonato finalizó con un triple empate en el primer lugar de la tabla de posiciones, entre Boca, Tigre y San Lorenzo, debido a lo cual se jugó un desempate entre los tres, a un partido en cancha neutral. Boca venció a San Lorenzo (3:1) y fue derrotado en el último partido por Tigre (0:1), que a su vez había sido vencido por San Lorenzo (1:2), volviéndose a producir un triple empate, que fue finalmente resuelto a favor de Boca, por haber sido el equipo con mayor diferencia de gol en el triangular final. A esta altura del campeonato Solari había dejado la conducción técnica, y su relación con el nuevo técnico, Jorge Castelli, no era buena, ya que no le permitía algunas licencias que había pactado con el anterior entrenador, además de que había sido quien le había cerrado las puertas en San Lorenzo. El sucesor de Basile fue el extécnico de la Selección Mexicana y campeón del Mundial de Fútbol de 1978 con la Selección de fútbol de la Argentina, Ricardo La Volpe. Mientras que con la selección de Italia encaró duelos contra Alemania, Argentina, y España – todos ellos rivales clásicos de la Azzuri.
8 de noviembre de 2001). «Maradona vivo o muerto». ↑ Cabrera, Hilda (29 de noviembre de 2000). «Alfonso De Grazia murió de alegría». ↑ Olé. «El golazo de Tevez de tiro libre». ↑ Chaves, Andrés. «El mejor equipo del mundo». ↑ Alcaide, Jesús. «El rey de Tokio fue Riquelme, el premio fue para Palermo». ↑ «»Yo me equivoqué y pagué, pero la pelota no se mancha»». ↑ «Copa Intercontinental 1977». FIFA. ↑ Informe Xeneize. «Libertadores 1977». Informe Xeneize. «Libertadores 1978». Historia de Boca. En su presentación declaró frases como: «Román es el máximo ídolo. No vengo a superarlo. Vengo a hacer mi propia historia», «A los 20 años, el mundo Boca me devoró. Ahora estoy más preparado», «Ahora me siento preparado para el Mundo Boca». «Torneo Apertura 1995». Historia de Boca. «Torneo Clausura 1996». Historia de Boca. «Torneo Apertura 1998». Historia de Boca. «Interamericna 1978». Historia de Boca. «Argentinos 5 – Boca 3». Historia de Boca.